เมืองกาญจนบุรี เป็นเมืองโบราณเก่าแก่มีประวัติศาสตร์ความเป็นมาทุกยุคสมัย สามารถแบ่งออกเป็นยุคสมัยตามหลักฐานที่พบ ได้ดังนี้
สมัยก่อนประวัติศาสตร์
เริ่มตั้งแต่สมัยเริ่มกำเนิดมีมนุษย์ขึ้นในโลก จากสภาพภูมิศาสตร์ที่มีภูเขา แม่น้ำ ป่าไม้ สิงสาราสัตว์มากมาย เหมาะที่จะเป็นที่ตั้งอาศัยของมนุษย์มาตั้งแต่ในสมัยก่อนประวัติศาสตร์ พบหลักฐานทางด้านโบราณคดีมากมายได้แก่ เครื่อมือหินกะเทาะ เครื่องมือสมัยหินใหม่ เครื่องมือสมัยโลหะ โครงกระดูกมนุษย์ ภาชนะดินเผา เครื่องประดับ ภาพเขียนสีที่ผนังถ้ำ โลงศพ ฯลฯ ตามถ้ำเพิงผา และตามลำน้ำแควน้อยแควใหญ่ ตลอดไปจนลุ่มแม่น้ำแม่กลอง
สมัยทวาราวดี
เมื่ออินเดียได้เดินทางเข้ามาค้าขาย และเผยแพร่พุทธศาสนายังแคว้นสุวรรณภูมิ ในราวพุทธศตวรรษที่ 11 - 16 พบหลักฐานศิลปะอินเดียสมัยคุปตะในสมัยทวาราวดี ตามลำน้ำแควน้อย แควใหญ่ และแม่กลอง ที่บ้านวังปะโท่ บ้านท่าหวี บ้านวังตะเคียน และพงตึก โบราณวัตถุสถานที่พล เช่น ซากเจดีย์ วิหาร พระพุทธรูป พระพิมพ์ เสมาธรรมจักร ระฆังหิน เครื่องประดับ ภาชนะดินเผา และพบตะเกียงโรมันสำริดที่มีอายุราว พศ.600 นับเป็นโบราณวัตถุที่เก่าแก่ที่สุดของไทย
สมัยอิทธิพลขอม
จากหลักฐานทางเอกสารที่เก่าแก่ที่สุดที่กล่าวถึงเมืองกาญจนบุรี คือ พงศาวดารเหนือ กล่าวว่า "กาญจนบุรีเป็นเมืองพญากง พระราชทานบิดาของพระยาพาน เป็นเมืองสำคัญของแคว้นอู่ทอง หรือสุวรรณภูมิ มีผู้สันนิษฐานว่าพญากงสร้างขึ้นราว พ.ศ.1350" ต่อมาขอมได้แผ่อิทธิพลนำเอาศาสนาพุทธมหายานเข้ามาประดิษฐานในเมืองกาญจนบุรี ปรากฏหลักฐานคือปราสาทเมืองสิงห์ เมืองครุฑ เมืองกลอนโด จนอำนาจอิทธิพลขอมเสื่อมลงไป
สมัยอยุธยาเป็นราชธานี
ในสมัยกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี เมืองกาญจนบุรีปรากฏชื่อเสียงเป็นที่รู้จักกันทั่วไป ต้องกลายมาเป็นเมืองหน้าด่าน เพราะตั้งอยู่ติดกับประเทศคู่สงครามคือพม่า กาญจนบุรีจึงเป็นเส้นทางเดินทัพและสมรภูมิ ด้วยเหตุว่ามีช่องทางเดินติดต่อกับพม่า คือ ด่านพระเจดีย์สามองค์ และด่านบ้องตี้ จึงนับว่ามีความสำคัญที่สุดเมืองหนึ่งในทางยุทธศาสตร์ ยังปรากฏชื่อสถานที่ในพงศาวดารหลายแห่งเช่น ด่านพระเจดีย์สามองค์ สามสบ ท่าดินแดง พุตะไคร้ เมืองด่านต่าง ๆ เมืองกาญจนบุรีตั้งอยู่ในช่องเขาริมลำน้ำแควใหญ่มีลำตะเพินอยู่ทางด้านทิศเหนือ ด้านหลังติดเขาชนไก่ ห่างจากที่ตั้งปัจจุบันไปประมาณ 14 กิโลเมตร ชาวบ้านเรียกกันว่าเมืองกาญจนบุรีเก่ามีผังเมืองเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า ขนาด 170x355 เมตร มีป้อมมุมเมืองก่อด้วยดินและหินทับถมกัน ลักษณะของการตั้งเมืองเหมาะแก่ยุทธศาสตร์ในสมัยนั้นอย่างยิ่ง ด้วยเป็นซอกเขาที่สกัดกั้นพม่าที่ยกมาทางด่านพระเจดีย์สามองค์ มุ่งจะไปตีเมืองสุพรรณบุรีและอยุธยาจำเป็นต้องตีเมืองกาญจนบุรีให้ได้เสียก่อน หากหลีกเลี่ยงไปอาจจะถูกกองทัพที่เมืองกาญจนบุรีตีกระหนาบหลัง ปัจจุบันยังมีซากกำแพงเมือง ป้องปราการ พระปรางค์ เจดีย์ และวัดร้างถึง 7 วัดด้วยกัน สมัยอยุธยานี้ไทยต้องทำสงครามกับพม่าถึง 24 ครั้ง กาญจนบุรีเป็นสมรภูมิหลายครั้ง และเป็นทางผ่านไปตีอยุธยาจนต้องเสียกรุงครั้งที่ 2 ในปี พ.ศ.2310 และต้องย้ายราชธานีใหม่
สมัยธนบุรีเป็นราชธานี
กรุงธนบุรีเป็นราชธานีใหม่จากการกู้เอกราชโดยพระเจ้ากรุงธนบุรี ในสมัยนี้เกิดสงครามกับพม่าถึง 10 ครั้ง กาญจนบุรีเป็นสมรภูมิอีกหลายครั้ง เช่น สงครามที่บางกุ้ง และที่บางแก้ว ซึ่งมีสมรภูมิรบกันที่บริเวณบ้านหนองขาว
สมัยกรุงรัตนโกสินทร์เป็นราชธานี
เมื่อไทยย้ายราชธานีมาอยู่ที่กรุงเทพฯ เพียง 3 ปี ก็เกิดสงครามใหญ่คือ สงคราม 9 ทัพ แต่ไทยสามารถยันกองทัพพม่าแตกพ่ายไปได้ ณ สมรภูมิรบเหนือทุ่งลาดหญ้าในปีต่อมาก็ต้องทำสงครามที่สามสบและท่าดินแดงอีก และไทยตีเมืองทวาย จากนั้นจะเป็นการรบกันเล็กน้อยและมีแต่เพียงข่าวศึก เพราะพม่าต้องไปรบกับอังกฤษในที่สุดก็ตกเป็นเมืองขึ้น และเลิกรบกับไทยตลอดไป ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้นยุทธศาสตร์การรบเปลี่ยนไป โดยเหตุที่พม่าต้องนำทัพลงมาทางใต้เพื่อเข้าตีกรุงรัตนโกสินทร์ จำเป็นต้องมีทัพเรือล่องลงมาจากสังขละบุรี มาตามลำน้ำแควน้อยผ่านอำภอไทรโยคมายังปากแพรก ซึ่งเป็นที่รวมของแม่น้ำทั้งสอง ด้วยเหตุนี้หลังจากสิ้นสงคราม 9 ทัพแล้ว จึงได้เลื่อนที่ตั้งฐานทัพจากเมืองกาญจนบุรีที่ลาดหญ้า มาตั้งที่ตำบลปากแพรก ซึ่งเป็นที่รวมของแม่น้ำทั้ง 2 สาย กลายเป็นแม่น้ำแม่กลอง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าฯ ทรงอธิบายว่า "ที่จริงภูมิฐานเมืองปากแพรกดีกว่าเขาชนไก่ เพราะตั้งอยู่ในที่รวมของแม่น้ำทั้ง 2 สาย พื้นแผ่นดินที่ตั้งเมืองก็สูงแลเห็นแม่น้ำน้อยได้ไกล ป้อมกลางย่านตั้งอยู่กลางลำน้ำทีเดียว แต่เมืองกาญจนบุรีที่ย้ายมาตั้งใหม่นี้เดิมปักเสาระเนียดแล้วถมดินเป็นเชิงเทินเท่านั้น" ในสมัยรัชกาลที่ 2 กรมหมื่นเจษฎาบดินทร์ได้เสด็จออกมาขัดตาทัพ กำแพงเมืองก็คงเป็นระเนียดไม้อยู่ ต่อมาจนถึง พ.ศ.2374 พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 ได้โปรดให้ก่อสร้างกำแพงเมืองและป้อมปราการขึ้นเป็นถาวร ทั้งนี้โดยมีพระราชประสงค์ส่วนใหญ่เพื่อติดต่อค้าขายกับเมืองราชบุรี ดังพระราชนิพนธ์เสด็จพระพาสไทรโยค กล่าวไว้ตอนหนึ่งว่า "แต่มีเมืองปากแพรกเป็นที่ค้าขาย ด้วยเขาชนไก่เมืองเดิมอยู่เหนือมากมีแก่งถึงสองแก่ง ลูกค้าไปมาลำบาก จึงลงมาตั้งเมืองเสียที่ปากแพรกนี้เป็นทางไปมาแก่เมืองราชบุรีง่าย เมืองที่สร้างขึ้นใหม่ กว้าง 5 เส้น ยาว 18 วา มีป้อม 4 มุมเมือง ป้อมย่านกลางด้านยาวตรงหน้าเมืองทิศตะวันตกเฉียงใต้มีป้อมใหญ่อยู่ตรวเนิน ด้านหลังมีป้อมเล็กตรงกับป้อมใหญ่ 1 ป้อม" การสร้างเมืองกาญจนบุรีใหม่นี้ ดังปรากฏในศิลาจารึกดังนี้ ให้พระยาราชวรินทร์ เจ้ากรมพระตำรวจเป็ฯนพระยาประสิทธิสงครามรามภักดีศรีพิเศษประเทศนิคมภิรมย์ราไชยสวรรค์พระยากาญจนบุรี ครั้งกลับเข้าไปเฝ้าโปรดเกล้าฯว่าเมืองกาญจนบุรีเป็นเมืองอังกฤษ พม่า รามัญ ไปมาให้สร้างเมืองก่อกำแพงขึ้นไว้จะได้เป็ฯชานพระนครเขื่อนเพชรเขื่อนขัณฑ์มั่นคงไว้แห่งหนึ่ง ในปัจจุบันกำแพงถูกทำลายลงโดยธรรมชาติและหน่วยราชการเพื่อประโยชน์อย่างอื่น เหลือเพียงประตูเมืองและกำแพงเมืองบางส่วน
การปกครองของเมืองกาญจนบุรี
ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้นประกอบด้วยเมืองด่าน 8 เมือง อยู่ในแควน้อย 6 เมือง แควใหญ่ 2 เมือง ตั้งขึ้นเพื่อประโยชน์ในทางยุทธศาสตร์ เพราะได้ตั้งให้พวกมอญอาสา มอญเชลย และกะเหรี่ยง เป็นเจ้าเมืองปกครองกันเอง เพื่อให้มีเกียรติศัพท์ดังออกไปเมืองพม่าว่ามีหัวเมืองแน่นหนาหลายชั้น และมีหน้าที่คอยตระเวณด่านฟังข่าวคราวข้าศึกติดต่อกันโดยตลอด เมื่อสงครามว่างเว้นลงแล้ว เจ้าเมืองกรมการเหล่านี้ก็มีหน้าที่ส่งส่วย ทองคำ ดีบุก และสิ่งอื่นๆ แก่รัฐบาลโดยเหตุที่ในสมัยนั้นมิได้จัดเก็บภาษีอากรจากพวกเหล่านี้แต่อย่างใด เมืองด่าน 7 เมือง(รามัญ 7 เมือง) ประกอบด้วยเมืองในสุ่มแม่น้ำแควน้อย 6 เมือง และแควใหญ่ 1 เมือง คือ
